Madagaskar filminin konusu, Central Park’ta bir hayvanat bahçesinde yer alan hayvanların olaylarla birlikte hayatlarının sürpriz bir žekilde değişmesini anlatıyor. Özellikle Alex, Marty, Melman ve Gloria adlı dört arkadaş, hayvanat bahçesinden kaçıp, Madagaskar adasına macera dolu bir yolculuğa çıkıyor.
Bu macera, dört hayvan arkadaşının hayatını tamamen değiştirmesini sağlıyor. Yolculukları sırasında, hayvanlar, çevreye uyum sağlamak için yeni beceriler ediniyor ve hayatlarının kendilerini sürpriz bir žekilde değişmesiyle karşı karşıya kalıyor.
Yolculukları sırasında, arkadaşlar Şili Fokları, korkunç bir kraliçe tarafından yönetilen sivri dişler adlı insan yiyen çakal topluluğu, kötü niyetli bir tavşan ve başka türlü hayvanlarla karşılaşıyor. Aynı zamanda, arkadaşlar, doğaya uyum sağlamak için çok çalışıyor ve çevrelerindeki hayvanların etkisinden etkileniyor.
Sonunda, hayvanlar Madagaskar adasına uyum sağlamaya başlıyor ve hayatlarının nasıl değiştiğini gözler önüne seriyor. Film, hayvanların özgürlüklerini arzuladıklarını ve toplumun farklı bileşenleri arasındaki ilişkileri kavradıklarını anlatıyor.
