Rafadan Tayfa Göbeklitepe filmi, Rafadan Tayfa ekibinin Göbeklitepe’de adım attıkları yeni maceraları konu alıyor. Tüm dünyanın gözü Göbeklitepe’de ve orada yapılan kazıların üstündeyken, Akın Şanlıurfa’lı arkadaşı Veysi’den gizemli bir paket alır. Merak dolu gözlerle paketi açmaya başlayan Akın, paketin içerisinde bakırdan yapılma bir sini bulur.
Bulduğu bakır siniye anlam veremeyen Akın, Veysi’den aldığı peşinde birilerinin olduğu haberiyle ne yapacağını şaşırır. Bakır sininin Göbeklitepe ile ilgili olduğunu anlayan Akın ve arkadaşları siniyi Göbeklitepe’nin kaşifi Başkan Amca’ya göstermeye karar verir. Hem sininin gizemini çözmek hem de arkadaşları Veysi’yi bulabilmek için Şanlıurfa’ya bir yolculuğa çıkarlar.